Das Rudolf-Zenker-Institut für Chirurgische Forschung sieht seine Forschungsschwerpunkte in der regenerativen Medizin, der Entzündungsbiologie und vaskulären Pathophysiologie. Im Mittelpunkt aktueller Aktivitäten stehen die Analyse von Mechanismen der Organ-Schädigung und Organ-Reparatur. Hier liegt der Fokus auf Leber, Pankreas und Gehirn sowie dem kardiovaskulären und muskuloskelettalen System. Hierbei finden sozioökonomisch relevante Volkskrankheiten, wie u.a. Diabetes, metabolisches Syndrom und Atherosklerose, als mögliche Ursachen und Risikofaktoren besondere Beachtung. Neben etablierten grundlagenwissenschaftlichen Techniken und Methoden kommen vielfältige in-vitro Assays und komplexe tierexperimentelle Krankheitsmodelle an Klein- und Großtier unter Nutzung von gentechnologisch modifizierten Organismen zum Einsatz. Ein weiterer wissenschaftlicher Schwerpunkt liegt auf der Belastungseinschätzung von Tieren in der tierexperimentellen Forschungmit dem Ziel der Etablierung von Methoden zur evidenzbasierten, objektiven und skalierbaren Erfassung von Schmerz, Leiden und Beeinträchtigung der Tiere im Rahmen von gastrointestinalen Erkrankungen.